První písemná zmínka o obci pochází z roku 1273 v listině papeže Řehoře X. Tehdy obec patřila k panství kláštera v Teplé. V roce 1340 koupil osadu Petr Plik, majitel Nejdku. Již tehdy pracovalo v okolí několik cínových dolů.
V roce 1434 získal zdejší panství kancléř Kašpar Šlik, jehož rod jej držel až do roku 1627, kdy musel Jindřichovice prodat Ottovi Nosticovi. Rod Šliků obec zvelebil, rozšířil těžbu kovů, k cínu se přidalo stříbro, olovo a železo. Roku 1537 získala obec městská práva, později potvrzená císařem Ferdinandem I. V roce 1518 mělo město radnici, roku 1537 svůj pivovar a v roce 1592 byla otevřena škola. Nosticové drželi Jindřichovice od 17.století až do roku 1945. Za jejich panování se obec dále rozvíjela. V roce 1843 žilo v panství 1900 obyvatel v 267 domech. Samotné město Jindřichovice pak mělo v tomto roce 63 domů a 440 obyvatel.
V obci Jindřichovice, v horní části, stojí zámek vystavěný v roce 1672 Janem Hartvíkem Nosticem jako náhrada za starou šlikovskou tvrz. Tento raně barokní objekt byl ve druhé polovině 19.století pseudogoticky upraven. Svým typem připomíná zámek šlechtické sídlo v Sokolově. Poblíž dnešního vchodu je do stěny zazděn plastický reliéf s motivem sv.Jiří v raně renesančním slohu, přenesený pravděpodobně z původní tvrze. V současné době je zámek opraven a slouží jako okresní archív.
Za 1.světové války byl v roce 1915 mezi Jindřichovicemi a rotavským lomem na čedič zřízen tábor ruských a srbských zajatců, kteří pracovali v rotavských železárnách a stavěli chemickou továrnu v Sokolově. Velké množství jich podlehlo hladu, vyčerpání, špatné hygieně a epidemiím. Zemřelí byli pochováváni na lesním hřbitově pod táborem i do hromadných hrobů. Po skončení války byla většina kosterních pozůstatků exhumována a pietně uložena do mauzolea, které dala vystavět z bývalé vodárny na výšině nad obcí jugoslávská vláda. Jsou zde pochovány ostatky 189 Rusů a okolo 7100 Srbů. Mauzoleum je dodnes udržováno.
Další významnou památkou v obci a její dominantou je kostel Sv.Martina. Jedná se o stavbu z roku 1803, navazující na starší středověkou svatyni, se zajímavou osmibokou věží a šestibokým presbytářem. Původ kostela je datován do 14.století, avšak byl zničen a vypálen a v 19.století byl upraven do dnešní podoby. Pod věží je náhrobní deska rotavských hamerníků Hutschenreutherů, kteří byli za obětavou práci povýšeni do šlechtického stavu. Na hlavním oltáři kostela je obraz svatého Martina z 19.století a naproti barokní obraz útěku svaté rodiny do Egypta s českým nápisem z roku 1607 (pozůstatek původního kostela). Nedaleká fara vznikla přestavbou panské myslivny.
Uprostřed obce stojí socha sv.Jana Nepomuckého z roku 1773. K zajímavé události došlo roku 1644 na Štědrý den, kdy do města vtrhlo švédské jezdectvo a požadovalo velkou sumu výpalného, 1400 tolarů, jinak bude obec vypleněna a vypálena. Tehdy se jako rukojmí přihlásili tři jindřichovičtí občané, protože měšťanstvo nebylo schopné tuto sumu odevzdat do dvou hodin. Tato rukojmí byla odvlečena a po 14 dnech, kdy bylo výpalné shromážděno a předáno, byli občané propuštěni ve značně zuboženém stavu.
Za vlády Nosticů byl v nedaleké oboře vystaven lovecký zámeček "Favorit" vybudovaný hrabětem Františkem Antonínem Nosticem. Ten jej dal vybudovat pro svoji manželku Marii Alžbětu. Brzy byl velmi oblíbeným místem a stal se hlavním sídlem panství. Původně se zámeček jmenoval "Mes idées" (mé myšlenky). V původní rokokové podobě vydržel do roku 1898, kdy ho dal Jan Nostic zbořit a na jeho místě postavit dnešní novoklasicistní objekt, který se stal letním sídlem Nosticů. Bývalá obora měla rozlohu 360 ha. V sedmdesátých a osmdesátých letech sloužil zámeček jako školní a rekreační středisko Inženýrským a průmyslovým stavbám. Dnes má nového soukromého majitele.